大分県北部に位置し、北に周防灘が開け、南は立石山・人見岳等標高1,000m弱の山岳を境に玖珠町・由布市に、西は中津市に、東は豊後高田市・杵築市・日出町・別府市にそれぞれ接しています。
本市は、文化財の宝庫といわれるように、宇佐神宮や東西本願寺別院、龍岩寺、鏝絵、石橋など古い歴史・文化遺産が数多く保存・継承されているまちで、奈良時代の古事記・日本書紀では、宇佐は日向や出雲とともに神代の昔から栄えており、天孫降臨に先だって三女神が宇佐島に天降り、また神武天皇東遷の時、菟狭津彦、菟狭津媛が一行を迎えて歓待したこと等を記しています。