新潟県の北端に位置し、北から東にかけては山形県に接している村上市。南は関川村および胎内市と接し、70キロメートル圏内には新発田市、新潟市および山形県鶴岡市があります。
海岸線は、約50キロメートルにも及んでいます。
地質的には、沖積平坦地と山間部洪積地で構成されています。平地は、飯豊朝日山系に源を発する荒川・三面川流域をはじめ、石川流域や大川流域に広がっています。集落は河川流域に集中しているほか、朝日山塊が直接日本海に迫る三面川河口以北の海岸線に分布しています。特に荒川、三面川および石川河川流域は、肥沃な水田として農業生産活動の基盤となっています。