京都府の西南部(山城)に位置し、北部と西部は、京都市西京区、東部は、京都市南区、伏見区と三方を京都市に、南部は長岡京市に接し、大山崎町を経て大阪府に至ります。
地形は西部一帯に標高35メートルから80メートルの丘陵が南北に細長く横たわり、丘陵の竹林からは多くのたけのこが産出され、乙訓のたけのことして全国にその名を知られています。
この丘陵地帯の竹林にも住宅造成の波が押し寄せ、だんだん面積が減っています。
市の中心部は住宅街を形成し、東部は平たんで耕地が多く、交通機関も集中していて、東西約1.2キロメートルの間に東海道本線・東海道新幹線・阪急電車・名神高速自動車道路・国道171号線が通り、JRのマンモス操車場・向日町運転所もあります。