南北に長い地形の淡路島の南部に位置し、兵庫県域の約2.7%を占めています。
南部と西部はそれぞれ播磨灘、紀伊水道に面し、北部の先山山地、南東部の諭鶴羽山地、西の南辺寺山塊に囲まれ、中央部には三原平野が広がっています。また、紀淡海峡には、周囲約10キロメートル、人口約700人の沼島が浮かんでいます。
神戸市から60キロメートル圏、大阪市から80キロメートル圏にあり、市の中央を走る神戸淡路鳴門自動車道によって、明石海峡大橋を経て神戸へ約60分、大阪へ約90分、また、大鳴門橋を経て徳島へ約40分の距離にあります。