2004年2月1日に誕生した本巣市は、総面積374.57km2で、岐阜県の南西部のほぼ中央から北端に位置し、北部は福井県と県境を、西部は揖斐郡に、南部は瑞穂市及び本巣郡北方町に、東部は岐阜市、山県市及び関市と隣接しています。
本巣市の西端を北部の山岳地帯からの大小河川のほとんどを合流する根尾川が南へ貫流しています。この河川を灌漑用水として利用し、南部の肥沃な耕地から各種の農産物を豊富に生産しています。
交通基盤は、市内を南北に縦断する国道157号を基軸として、東西に横断する国道303号、418号、主要地方道関本巣線、岐阜大野線、岐阜関ヶ原線で骨格を形成しています。
鉄道は、第3セクター樽見鉄道が南北に縦断し、住民の通勤、通学、買い物等日常の移動手段となっています。樽見鉄道は大垣駅(JR大垣駅)を起点に根尾樽見(所要時間約1時間)に至っています。